Od promoce na Fakultě všeobecného lékařství Univerzity Karlovy v Praze pracovala na Neurologickém oddělení Nemocnice Kladno. Po složení atestace II. stupně se věnovala práci v elektromyografické laboratoři, od roku 1988 vedla ordinariát pro cévní onemocnění mozku, od roku 1991 do roku 2004 pracovala ve funkci primářky Neurologického oddělení Nemocnice Kladno, od roku 2005 do roku 2021 pak ve funkci primářky Neurologické kliniky 3. LF UK a Fakultní Thomayerovy nemocnice.
MUDr. Jolana Marková se dlouhodobě věnuje problematice bolestí hlavy, od roku 1992 vede poradnu pro diagnostiku a léčbu bolestí hlavy, v současné době je vedoucí lékařkou Centra pro diagnostiku a léčbu bolestí hlavy ve Fakultní Thomayerově nemocnici. O tématu bolestí hlavy přednáší i publikuje.
Je dlouholetou členkou České neurologické společnosti (ČNS), členkou výboru ČNS byla po čtyři funkční období, do roku 2008. Je členkou výboru Neurofarmakologické sekce ČNS. V letech 2005–2013 pracovala ve funkci předsedy Czech Headache Society (CzHS), nyní je vědeckým sekretářem CzHS. Byla českým zástupcem v panelu European Federation of Neurological Societies (EFNS) pro bolesti hlavy, později v panelu European Academy of Neurology (EAN).
Má bohaté zkušenosti s vedením klinických studií v oblasti migrény a roztroušené sklerózy.
MUDr. Marková je také asistentkou na 3. LF UK, vyučuje mediky neurologii a je členkou zkušební komise pro státní zkoušku z neurovědy.